Tu peux avoir le beurre et l'argent du beurre grâce à Rewire : tu n'es pas du tout obligé de renoncer à toutes les machines sympas de Reason, par contre en effet il te faudra un séquenceur "hôte" pour chapeauter tout ce monde là : tes plugs en VST/AU/RTAS d'un côté et Reason en Rewire de l'autre. Moi je me sers de Reason en Rewire avec Logic pour jouer des boucles Recycle dans Dr Rex par exemple.
Pour le choix des séquenceurs:
Logic Pro 7 est beaucoup plus complet que Cubase SX 3.0 ( nombre de plugs intégrés hallucinants et d'excellente qualité, synthés virtuels, effets, mastering, samplers avec banques de samples archi complètes : tu peux faire de la musique dans tous les styles avec Logic seul sans rien acheter d'autre ) et plus souple au niveau du MIDI si tu as un studio un peu complexe (grâce au fameux "environnement" programmable)
Par contre il est un peu plus difficile à apprendre que Cubase et l'interface est parfois plus austère, et en effet depuis la version 6 il n'existe que sur Mac.
Cubase est très bien aussi et fera probablement tout ce dont tu as besoin! Il est un peu moins utilisé par les pro que Logic (encore que...), mais c'est surtout parce que c'est un logiciel PC avant tout, il existe sur Mac, mais il est mal optimisé et bcp plus gourmand que Logic en ressources.
Pro Tools c'est une philosophie particulière :
Déjà au début il était (à ma connaissance, Joachim pourra corriger

) exclusivement dédié à l'édition audio, c'était un outil d'ingé son/monteur et pas de musicien. Et surtout ce qu'on appellait un système Pro Tools, c'était un ensemble avec le matériel dédié (cartes d'E/S, cartes de traitement ) + le logiciel. Les ordis de l'époque (1992) n'avaient en effet pas du tout les capacités suffisantes pour traiter de l'audio pro en temps réel sans une aide de matos externe. Ce système existe toujours aujourd'hui, ce sont les systèmes Pro Tools HD/TDM, et le ticket d'entrée c'est le prix d'une petite voiture. Mais c'est le top
Depuis quelques années, avec la montée en puissance des ordinateurs, Pro Tools s'est un peu ouvert à ce qu'ils appellent le fonctionnement "natif", c'est à dire faire comme tous les autres séquenceurs et utiliser la puissance de ton ordinateur pour faire les calculs, et non pas des cartes dédiées (et à mon avis c'est l'avenir parce que le rapport puissance/prix d'un système natif par rapport à des cartes dédiées ne va faire que s'améliorer, inéluctablement...)
Ca s'appelle les systèmes Pro Tools LE.
Mais comme ils tiennent quand même à leur philosophie de "Pro Tools c'est un package complet avec du matos" (et puis aussi pour contrer le piratage), un système LE ça a toujours du matos dedans: les MBox en entrée de gamme (pas cher et bien!), et les Digi002 au dessus.
Et très récemment, Avid (la maison mère de Digidesign qui édite Pro Tools) a racheté M-Audio, et il est sorti une version spéciale de Pro Tools (M-Powered) qui marche avec certaines interfaces M-Audio comme le clavier Ozonic par exemple!
Et euh sinon pour revenir à ta question, Pro Tools aujourd'hui permet tout à fait de composer de la musique (demande au propriétaire des lieux

) , si ce n'est qu'il est un peu limité en MIDI par rapport à Cubase ou surtout Logic (c'est à dire que tu peux pas programmer des trucs de ouf qui vont te modifier la vélocité si tel autre paramètre a telle valeur, etc...).
Et il fait hôte Rewire pour ton Reason.
Pour les plugs-in natifs de Pro Tools, c'est un format spécifique, le RTAS. La plupart des plugs comme ceux de NI que tu as acheté le gèrent, et sinon il existe un "adaptateur" vendu par FXPansion pour le AU et le VST, mais c'est quand même dommage que Digi ne pousse pas l'ouverture jusqu'à gérer directement le AU et le VST dans Pro Tools...
Voilà
EDIT:
au fait, cette discussion a sa place dans la section "matos", ici c'est pour parler des productions de Joachim.